Program Studi D3 Farmasi di STIKes Muhammadiyah Kuningan berfokus pada pembekalan keterampilan praktis dalam bidang farmasi. Mahasiswa dilatih untuk menjadi tenaga teknis kefarmasian yang kompeten, siap bekerja di apotek, rumah sakit, atau industri farmasi.

Pada tahun 2023, Program Studi D3 Farmasi berhasil meraih akreditasi "Baik Sekali" dari LAMPTKes, menunjukkan komitmen institusi dalam menjaga kualitas pendidikan.

Pada tahun 2024, STIKes Muhammadiyah Kuningan bergabung dengan STKIP Muhammadiyah Kuningan, membentuk Universitas Muhammadiyah Kuningan.